Broliai atlieka uždraustą žmogaus transmutacijos alcheminę techniką, stengdamiesi ją prikelti, kai Triša miršta nuo maro. Dėl to transmutacija atsimuša į priekį ir pagal įstatymą vienodai keičiantis, kairė koja ir visas Alfonso kūnas Edvardas yra sugadintas. Edvardas praranda dešinę ranką, kad išgelbėtų Alphonse sielą, surišdamas kraujo antspaudą į šarvų kostiumą. Royas Mustangas kviečia Edwardą tapti Alphonse kūno atstatymo metodu, kurį tyrinės valstybinis alchemikas. Edvardas triumfuoja, tapdamas pavadinimu pagal jo protezines galūnes „Fullmetal Alchemist“.
Praėjus trejiems metams, „Elrics“ ieško legendinio filosofo akmens, kad įgyvendintų jų tikslus. Marcohas siunčia savo užrašus, kad jie juos surastų, tačiau jie sužino esminį veiksnį, norint iš tikrųjų padaryti Akmenį, yra žmonių aukos. Mustango bičiulis Maesas Hughesas tęsia jų tyrimus, tačiau nušautas su užmaskuotu pavydu už Homunculi strategijų radimą.
Matydama su Izumi, Elrikai sužinojo, kad žmogaus transmutacija įvykdė negyvą vaiką. Nesąžiningas homunculusas godumas užfiksuoja Alphonse'ą, tačiau jį išgelbėjo Amestriso prezidentas karalius Bradley, kuris, kaip parodė, veikia kaip homunculus Wrath. Taigi godumą ištirpdo ir vėl sugeria Homunculi tėvas. Winry ir Elrikas grįžta į Centrinį miestą, norėdami nuvykti pas Hughesą, bet sužinoti apie jo praeiti. Leitenantas Maria Ross yra įtvirtintas dėl Hugheso žmogžudystės, tačiau, matyt, jį nužudė Mustangas. Vis dėlto Edvardas sužino, kad Rossas išvyko taip, kad Mustangas galėtų ją gabenti iš Jungtinių Valstijų į Xing, kuriai padėjo Xingese princas Ling Yao. Hohenheimą vėl suvienija Edvardas, tačiau jis niekina jį dėl ilgo nebuvimo gyvenamojoje vietoje.
Pasakojimui žengiant į priekį, pagrindiniai veikėjai su homunkuliais susiduria pakartotinai. Mustangas užmuša geismą; Mustangas ir Lingas užfiksuoja apgaulingumą, tačiau galų gale jis pavydi pavydo savo niekingumui ir Edwardo, panašaus į Lingą. Apsirijimas veda Alphonse susitikti su Tėvu, tačiau Lingas pasisuka į dešinę į homunkulą, ypač naujausią godumo avatarą, kai kiti pabėga iš gluttony pilvo. Elrikai paleidžiami tęsti savo veiklą, jei Tėvas jiems neprieštarauja.
Radęs požeminį tunelį po Briggs, generolas Olivieras Armstrongas suranda Tėvą ir Elriką, sukurdamas nacionalinę transmutacijos grupę ir ketina duoti savo piliečiams, kad jis galėtų pakilti į dievybę. Godumas atsigauna išduoda Tėvo ir jo ankstesnių savęs prisiminimus, bendradarbiaujant su Kimblee Hohenheimo chimerų pakaitalais Edwardu. Hohenheimas atskirai atskleidžia savo sūnums, kad jis nėra mirtingas, kurį keturis šimtus metų tėvas pavertė dešiniuoju gyvu filosofo akmeniu.
Ateina Pažadų diena, o Tėvas ruošiasi pradėti savo strategiją, turėdamas užtemimą, ir tuos, kurie bandė perkeisti žmones kaip svarbiausias jo aukas. Įvairūs veikėjai konfliktuoja su Tėvo pakalikais, pasibaigus visiems homunkuliams. Po priverstinio „Mustang“, taip pat „Elrics“, „Izumi“ ir „Hohenheim“ yra renkami, nes tėvo priežastys suaktyvina nacionalinę transmutaciją. Nepaisant to, Scaras ir Hohenheimas suaktyvina amestrus, kad juos išgelbėtų atsakomosios priemonės. Tėvas sugadina godumą, nors tėtis susiduria virš žemės, kur veikėjai kovoja su juo, kad nusidėvėtų jo filosofo akmuo.
Alphonse'as, kurio šarvai yra tik sugadinti per paskutinį konfliktą prieš Tėvą, duoda savo dvasią atgauti dešinę ranką, kuri savo ruožtu sugadina Tėvo akmenį ir siunčia jį atgal į eterinius Edvardo Tiesos vartus. Edvardas praranda galią daryti alchemiją, kad atgautų sielą ir Alphonse kūną. Hohenheimas mato kapą ten, kur miršta, turėdamas Trishos šypseną.
