Istorija sukurta tolimoje ateityje. Žemė suniokota, o žmonija įkuria kilnojamą forto miesto plantaciją. Plantacijoje pagaminti pilotai gyvena Mistilteine, taip pat žinomi kaip „paukščių narvas“. Vaikai gyvena ten nieko nežinodami apie išorinį pasaulį ar dangaus laisvę. Jų gyvenimas susideda iš kovos su misijomis. Jų priešai yra paslaptingos milžiniškos gyvybės formos, žinomos kaip Kyōryū, o vaikai, pilotuojantys robotai, pakvietė Franxxą į juos atsispirti. Vaikams važiavimas „Franxx“ įrodo jų egzistavimą.
Berniukas, vardu Hiro, vadinamas Kodas: 016, ir kadaise jis buvo žinomas kaip vunderkindas. Tačiau jis atsiliko, ir jo egzistavimas atrodo nereikalingas. Neskraidinti „Franxx“ yra tas pats, kas nustoti egzistuoti. Vieną dieną prieš jį pasirodo paslaptinga mergina, vadinama „Zero Two“. Iš jos galvos išauga du ragai.
